Anni prima, don Guanella aveva sollecitato don Bosco a venire ad aprire una sua casa in diocesi di Como; adesso, autorizzato a malincuore dal suo vescovo mons. Carsana, andava lui da don Bosco per imparare.
Arrivò alla fine di gennaio del 1875, accolto dal saluto di don Bosco: «Andiamo in America?». II primo ricordo di don Guanella salesiano fu l’assistere al «bel colpo di scena» (come lo chiama don E. Ceria, nei suoi Annali) dell’annuncio a sorpresa dell’avvio delle missioni all’estero in Argentina, dato la sera del 29 gennaio a tutta la Casa raccolta. Don Guanella visse il suo periodo di noviziato; nel settembre 1875 emise i voti salesiani per un triennio: si impegnava a restare fino a quell’anno; nel frattempo avrebbe cercato qualche vocazione per il suo vescovo e tentato di convincere don Bosco a venire in diocesi di Como.
Furono anni importanti anche per la vita e la congregazione salesiana: erano state appena approvate le Costituzioni e in quei primi mesi del 1875 si distribuivano fra i confratelli; l’avvio delle missioni estere; l’assestamento dell’opera dei cooperatori e della Congregazione femminile delle Figlie di Maria Ausiliatrice (prime professioni perpetue nel 1875, approvazione diocesana il 23 gennaio 1876); inizio del «Bollettino Salesiano» nel 1877, dopo una breve esperienza preparatoria; l’opera di Maria Ausiliatrice per le vocazioni adulte (1875); il primo Capitolo generale nel settembre 1877.
In tutto questo fervore di opere si trovò a suo agio, tutto attento a vedere, osservare, imparare, scrivendo nel profondo del cuore. Vari confratelli gli diventarono carissimi amici, come il Cagliero e il Barberis. Con essi si discutevano i problemi della congregazione. «La bontà di don Bosco degnava di associarsi don Guanella in qualche visita delle sue case ed esprimeva qualche suo progetto». Don Guanella sentiva, rifletteva, esponeva le sue opinioni. «Trovandomi con don Bosco mi pareva imparadisato. Col divino aiuto e mercé le preghiere di don Bosco io mi corressi di difetti che forse in caso contrario avrei portato alla tomba. Specialmente mi pare di aver guadagnato nello spirito di mortificazione, attenendomi alla regola meglio che per me si potesse». II clima migliore e una vita più regolare recarono anche beneficio alla sua salute. Soprattutto «aveva poi l’esempio di tante virtù e la direzione di coscienza di don Bosco che faceva sì gran bene a tutti. II cuore di don Bosco era calamita che traeva, e la sua parola parca e misurata spandeva bagliori di luce nella mente. Sia eterna la gratitudine a don Bosco e alle Case sue».
Don Bosco voleva unirlo a don Cagliero per qualche missione in America; ma don Luigi pensava da parte sua: «Reputo grandissima fortuna essere venuto con don Bosco, ma il mio cuore sentirebbe un vuoto per tutta la vita perché, non parrà vero, ma continua in me il pensiero di fabbricare qualche ciabotto (come là chiamavano le fondazioni) in patria mia».
Nel frattempo tuttavia si impegnò totalmente, senza altre riserve. Aveva portato, quasi come dote, alcune vocazioni per la congregazione femminile e nell’aprile 1875 entrarono nel noviziato di Mornese quattro giovani di Savogno.
Mosse con entusiasmo e zelo, qualche volta ancora un po’ duro, i primi passi di esperienza nell’oratorio. «I1 neo arrivato poco a poco si immetteva negli uffici di casa e in qualche predicazione di Maria Ausiliatrice e nei catechismi ai giovani esterni per lo più operai che frequentavano l’Oratorio di S. Francesco di Sales».
Poi fu direttore dell’oratorio festivo di S. Luigi al di là di Porta Nuova; «si dispensavano i ss. sacramenti e predicazioni e catechismi; una volta all’anno si facevano passeggiate per una giornata intera e per una volta al mese si faceva l’incanto di giocattoli ed abiti nei quali gli allievi facevano a gara nel vendere le cartelle avute in premio di frequenza e di profitto all’oratorio». Lungo la settimana: predicazioni e tridui. Nell’ottobre 1876 si dovevano aprire Casa e scuole a Trinità di Mondovì e vi fu assegnato direttore il Guanella. L’anno successivo, in qualità di direttore di questa opera, partecipò al Capitolo generale.
Avviata l’opera di Maria Ausiliatrice per le vocazioni adulte, don Bosco costituì don Guanella primo direttore, con qualche difficoltà «perche l’opera tardava a penetrare nella mente e nel cuore anche dei primi discepoli dello stesso don Bosco». E tanti progetti affollavano il cuore di don Guanella.
Intanto veniva a scadere il triennio: il Vescovo pressava al ritorno e don Guanella si sentiva di dover ubbidire, decidendo di partire nel settembre 1878. «Confidava poi il Guanella di non aver patito tanto alla morte del padre e della madre che a così dire gli morirono tra le braccia, quanto a lasciare don Bosco, che gli cagionò così vivo strappo al cuore» (lettera a don G. B. Lemoyne del 1891).